แม้ว่าปัจจุบันสมุนไพรเข้ามามีบทบาทสำคัญในชีวิตมากขึ้นจากคุณสมบัติและสรรพคุณเฉพาะตัวที่ให้คุณประโยชน์ต่อร่างกายอย่างคาดไม่ถึง ไม่ว่าจะใช้เป็นรักษาโรคหรือใช้เป็นอาหารเสริมแต่หากมีการนำสมุนไพรมาใช้อย่างไม่ถูกต้อง ไม่ถูกวิธี สมุนไพรก็อาจจะก่อให้เกิดโทษต่อผู้ใช้ได้เช่นกัน ว่าแล้วก็ไปดูกันดีกว่าว่าอันตรายที่ว่ามีอะไรบ้าง

1. สมุนไพรที่ทำให้เกิดการแพ้ เช่น ผู้แพ้นมผึ้งมักมีอาการ ได้แก่ อาการหืด อาการหลอดลมหดเกร็ง หลอดเลือดบวม ความดันโลหิตต่ำ เยื่อบุตาอักเสบ ผื่นคัน
2. สมุนไพรที่ทำให้เกิดความเป็นพิษ เช่น ผู้ป่วยโรคไตควรระวังการใช้ ชะเอมเทศ และ มะขามแขก เพราะอาจมีผลทำให้เกิดภาวะโปแตสเซียมต่ำในเลือด และ น้ำลูกยออาจให้เกิดภาวะโปแตสเซียมสูงในเลือด
3. สมุนไพรที่ทำให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์ เช่น กระเทียม แม้จะมีสรรพคุณช่วยลดไขมันในเลือด แต่ขณะเดียวกันก็ทำให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์คือ เกิดเลือดออกได้ง่าย
4. การเกิดปฏิกิริยาระหว่างยากับสมุนไพร เช่น เมื่อรับประทานแปะก๊วยร่วมกับยาแอสไพริน ปฏิกิริยาที่เกิดขึ้นคือ มีโอกาสเลือดออกง่าย และเลือดแข็งตัวช้า
5. การใช้สมุนไพรผิดชนิด ผิดวิธี เช่น การใช้มะเกลือในการถ่ายพยาธิโดยรับประทานสด หรือนำไปต้มหรือนำไปผสมกับน้ำปูนใสแทนที่จะเป็นน้ำกะทิตามวิธีโบราณ ผลคือทำให้เกิดความเป็นพิษต่อตา
6. การปนเปื้อนในสมุนไพร เช่น การปนเปื้อนที่เกิดขึ้นในผลิตภัณฑ์สมุนไพรไม่ว่าจะเป็นโลหะหนัก ยาฆ่าแมลง หรือเชื้อจุลินทรีย์ต่างๆอาจส่งผลให้เกิดอันตรายต่อร่างกายทั้งแบบเฉียบพลัน และอาจสะสมจนก่อให้เกิดอันตรายในระยะยาว
7. สมุนไพรที่มีการปลอมปน เช่น สมุนไพรที่มีการอวดอ้างสรรพคุณเกินจริงมักพบการปนปลอมของสารที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะยาสเตียรอยด์ที่ทำให้เกิดอันตรายต่อร่างกายได้หากใช้ไม่ถูกต้อง